La raccolta del Museo Provinciale Sannitico nasce in periodo di fermenti culturali postunitario, trovando collocazione alla fine dell’ '800 con la Biblioteca Provinciale nel Palazzo della Prefettura. Si provvede ad una prima catalogazione del materiale a cura dell'archeologo A. Sogliano che ne pubblica nel 1889 l'Inventario.
In parte dispersa nel tempo, avendo conosciuto vicende alterne e molteplici cambi di sede, la collezione archeologica è stata attualmente restaurata ed esposta dal 1995 nei locali del  palazzo “Mazzarotta” nel centro storico di Campobasso, sede del Museo. Il Palazzo, del XVI secolo, è inizialmente di proprietà di un ordine o di una confraternita religiosa e diviene nel 1700 residenza di una famiglia agiata. La sua storia è riflessa nella distribuzione degli ambienti che rivela un disorganico succedersi di interventi costruttivi in cui si isolano il loggiato ed il portale di chiara definizione ottocentesca.
Al suo interno l'esposizione museale si articola in cinque sezioni (organizzate secondo un criterio cronologico e tematico); l'originaria collezione ottocentesca, quella provinciale, comprendente circa 500 pezzi di varia provenienza, è inserita nel percorso delle sezioni, in corso di allestimento che racconteranno Il Sannio attraverso i secoli. Il percorso, con una prospettiva cronologica è così suddiviso :

- I sezione: Lungo le rotte adriatiche

- II sezione: La via dell'ambra

- III sezione: Gentes fortissimae Italiae

- IV sezione: Dai Sanniti ai Romani

- V sezione: I cavalieri avari

Il Museo presenta attualmente le mostre sui cavalieri sanniti di Guglionesi, sulle tombe romane di San Giuliano di Puglia e sulla necropoli alto medievale di Campochiaro, Vicenne.