L'origine del museo diocesano risale al 1980, quando fu aperto un primo nucleo espositivo presso il Seminario di Montearioso. Dopo circa 10 anni di chiusura, il museo è stato completamente riallestito in locali adiacenti all'Oratorio di San Bernardino a Siena. La realizzazione del nuovo museo diocesano ha consentito la valorizzazione di un complesso di grande valore storico artistico e la salvaguardia e fruibilità al pubblico di una preziosa collezione di opere d'arte, che costituisce un punto di riferimento per la storia dell'arte sacra del territorio senese.