Il Museo consta di un allestimento provvisorio delle proprie collezioni storiche: collezione di oltre 400 tavole anatomiche, di modelli in cera, di oltre 1000 preparati a secco, di modelli didattici, di strumentazione d'epoca, nonché della famosa collezione craniologica. Il percorso espositivo si avvale anche dell'allestimento di alcuni ambienti storici propri di un Istituto ottocentesco di Anatomia.